子公司股份怎么保护？
1、首先，要确认你对这家公司到底有没有实际的控制权（直接或间接持有该公司50%以上的出资或股权份额）；如果没有那么无论你怎么做都没什么卵用，对方随便搞个董事会或者股东会决议你就可以踢出局了。当然这种完全失控的情况非常少，因为一个子公司的股份一般都不会被分散到多个主体手中，否则母公司也根本不可能实际控制。
2、其次就是看你在公司里担任什么职位，有没有签劳动/服务协议等等来约定你对于这家公司的权利义务，然后结合你的职务及公司章程、协议等文件来分析你是否可以实际控制这家公司。如果存在实际控制的可能，那就好办多了。
3、最后才考虑通过法律手段来维护自己的利益。可以先尝试去起诉你所谓的“合伙人”，以侵犯财产权为由（因为你并不是真正意义上的“股东”所以不能按损害股东权益来起诉，而且也不能要求确认其股权份额的请求），诉请法院确认双方的合伙关系并让法院判决双方对于该子公司实际投入的比例以及享有收益和承担亏损的数额。再通过上述判决来主张你自己的权益。
但这种情况的前提也是你需要能够拿出充分的事实依据证明你所说是事实，比如能证明你们之间的合伙关系的证据、你能够支配和运用这部分资产的证据等等。否则仅凭你说他欠你钱没有证据证明其实际投资比例就要承担败诉的风险了！