新三板为何设在北京？
1、因为新三板的定位决定了其与上交所和深交所不同，更类似于一个为优质中小企业提供融资服务的平台，而不仅仅是为创新型、成长型中小微企业服务的平台；同时，作为我国多层次资本市场体系的重要组成部分，新三板应该发挥为沪深两个交易所“试水”的作用，因此设立在首都北京有利于国家从整体上把控新三板的发展方向，探索适合我国国情的中小企业和资本市场发展道路（毕竟沪指这么多年一直在3000点左右徘徊，深V反弹的时候也没有引起太多的社会关注）。
2、北京作为全国政治和文化中心，具备设立新三板的所有条件：人才济济（拥有大量从事金融研究和操作的顶级人才）、基础雄厚（拥有中央人民政府和国务院下属众多单位及中国人民银行、财政部等一众金融机构）、信息畅通（毗邻新华社和中国日报，能够第一时间获取最权威的金融市场资讯）以及位置优越（坐落于朝阳区东三环附近，交通便利）等等……最重要的是，设立新三板是党和国家做出的重要决策，直接由国务院牵头负责，自然要让中央办公厅和国务院具有直接管辖权限的部门来承担主要工作。
3、虽然设立新三板是为了服务于全国的中小企业，但考虑到北上广等城市拥有的优质企业更多，且更容易吸引到优质的挂牌公司，因此将新三板设在中心城市更有利于其规范发展和扩大影响。另外，以首都的包容性，或许可以吸引更多优质公司的到来，从而在短期内改善新三板的市场结构和质量。当然这是建立在现有体制框架下的最优选择，如果从市场高效运作的角度来看，或许应当另当别论。